Приказ основних података о дисертацији

Coding and noncoding variants of disease-causing genes of maturity-onset diabetes of the young: phenotype modulators and regulators of gene expression

dc.contributor.advisorUgrin, Milena
dc.contributor.otherPavlović, Sonja
dc.contributor.otherRadović, Svetlana
dc.contributor.otherJelić, Mihailo
dc.contributor.otherZdravković, Vera
dc.creatorKomazec, Jovana
dc.date.accessioned2021-04-14T10:00:41Z
dc.date.available2021-04-14T10:00:41Z
dc.date.issued2020-12-25
dc.identifier.urihttp://eteze.bg.ac.rs/application/showtheses?thesesId=8066
dc.identifier.urihttps://fedorabg.bg.ac.rs/fedora/get/o:23529/bdef:Content/download
dc.identifier.urihttp://vbs.rs/scripts/cobiss?command=DISPLAY&base=70036&RID=35616265
dc.identifier.urihttps://nardus.mpn.gov.rs/handle/123456789/18218
dc.description.abstractDijabetes adultnog tipa kod mladih (MODY) je nasledni, autozomno dominantni oblik dijabetesa, klinički i genetički veoma heterogen, koji nastaje kao posledica primarne disfunkcije β-ćelija pankreasa. MODY nastaje usled genetičkih varijanti u jednom od brojnih gena asociranih sa MODY dijabetesom, te je metodom sekvenciranja nove generacije i metodom istovremenog umnožavanja vezanih proba, prvi put u Srbij, analizirano 13 gena uzročnika MODY dijabetesa kod 29 klinički suspektnih pedijatrijskih pacijenata. Kombinovanjem ove dve metode detektovano je 20 različitih varijanti kod 75,9% pacijenata u 4 različita gena. Varijante u dva gena, GCK i HNF1B, detekotvane redom, kod 50% i 22,7% pacijenata, predstavljale su glavne uzročnike MODY dijabetesa u ovoj grupi pacijenata. U ovoj studiji identifikovana je i jedna nova prethodno neprijavljena varijanta u GCK genu, c.596T>C; p.Val199Ala, za koju su in silico predikcije nedvosmisleno pokazale da je patogena. Kako bi se detektovale varijante u promotorskom regionu, koje takođe dovode do MODY dijabetesa, analizirani su promotorski regioni četiri najčešća gena uzročnika MODY dijabetesa. Varijantni set u promotrskom regionu GCK gena (−282C>T; −194A>G; 402C>G) i varijanta c.-154-160insTGGGGGT u promotoru HNF1A gena, odabrane su kako bi se u funkcionalnim esejima u ćelijskoj kulturi ispitao njihov uticaj na ekspresiju datih gena. Analizirane su i interakcije ovih potencijalnih regulatornih elemenata sa transkripcionim faktorima u esejima usporene elektroforetske pokretljivosti. Rezultati funkcionalne analize odabarnih promotorskih varijanti ukazali su da varijante u promotoru, osim potencijalno patogenog efekta, mogu da imaju i ulogu modifikatora fenotipa, čime su dopunjena postojeća znanja o varijantama u promotorima MODY gena.sr
dc.description.abstractMaturity-onset diabetes of the young (MODY) is an inherited, autosomal dominant form of diabetes, clinically and genetically very heterogeneous, resulting from primary β-cell dysfunction. Since MODY diabetes is caused by single gene variants in one of the many MODY-related genes, next generation sequencing and multiplex ligation-dependent probe amplification analysis were used to analyze 13 MODY-relate genes in 29 clinically suspected pediatric patients, for the first time in Serbia. Combining these two methods, 20 different variants, found in 4 genes, were identified in 75.9% patients. Variants in the GCK and HNF1B gene, detected in 50% and 22.7% patients, respectively, were the main cause of MODY diabetes in our patients. Also, a novel variant in the GCK gene: c.596T>C, p.Val199Ala was identified and predicted to be pathogenic by in silico algorithms. Due to the fact that promoter variants can also lead to MODY diabetes, promoter regions of the four most common MODY genes were screened. Two variants, the variant set in the promoter region of the GCK gene (−282C>T; −194A>G; 402C>G), and the variant c.-154-160insTGGGGGT in the promoter of the HNF1A gene, were selected to analyze their effect on gene expression in functional cell culture studies. Also, electrophoretic mobility shift assay was carried out to investigate the interaction of potential transcription factors with the promoter region surrounding the variant, as well as whether the variants affect the binding of those transcription factors. The results of the functional analysis of the selected promoter variants indicated that variants in the promoter, in addition to potentially pathogenic effect, may also play the role of a phenotype modifier, thus supplementing the existing knowledge about variants in the promoters of MODY genes.en
dc.formatapplication/pdf
dc.languagesr
dc.publisherУниверзитет у Београду, Биолошки факултетsr
dc.relationinfo:eu-repo/grantAgreement/MESTD/Integrated and Interdisciplinary Research (IIR or III)/41004/RS//
dc.rightsopenAccessen
dc.rights.urihttps://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
dc.sourceУниверзитет у Београдуsr
dc.subjectDijabetessr
dc.subjectDiabetesen
dc.subjectMODYsr
dc.subjectGCKsr
dc.subjectHNF1Asr
dc.subjectHNF4Asr
dc.subjectHNF1Bsr
dc.subjectDNK varijantesr
dc.subjectsekvenciranje nove generacije (NGS)sr
dc.subjectfunkcionalna analizasr
dc.subjectpromotorsr
dc.subjectMODYen
dc.subjectGCKen
dc.subjectHNF1Aen
dc.subjectHNF4Aen
dc.subjectHNF1Ben
dc.subjectDNK variantsen
dc.subjectnext generation sequencing (NGS)en
dc.subjectfunctional analysisen
dc.subjectpromoteren
dc.titleVarijante kodirajućih i nekodirajućih regiona gena uzročnika dijabetesa adultnog tipa kod mladih kao modulatori fenotipa i regulatori genske ekspresijesr
dc.title.alternativeCoding and noncoding variants of disease-causing genes of maturity-onset diabetes of the young: phenotype modulators and regulators of gene expressionen
dc.typePhD thesis
dc.rights.licenseBY-NC-ND
dcterms.abstractУгрин, Милена; Радовић, Светлана; Павловић, Соња; Здравковић, Вера; Јелић, Михаило; Комазец, Јована; Варијанте кодирајућих и некодирајућих региона гена узрочника дијабетеса адултног типа код младих као модулатори фенотипа и регулатори генске експресије; Варијанте кодирајућих и некодирајућих региона гена узрочника дијабетеса адултног типа код младих као модулатори фенотипа и регулатори генске експресије;
dc.identifier.fulltexthttps://nardus.mpn.gov.rs/bitstream/id/70824/IzvestajKomisije28606.pdf
dc.identifier.fulltexthttps://nardus.mpn.gov.rs/bitstream/id/70823/Disertacija.pdf
dc.identifier.rcubhttps://hdl.handle.net/21.15107/rcub_nardus_18218


Документи за докторску дисертацију

Thumbnail
Thumbnail

Ова дисертација се појављује у следећим колекцијама

Приказ основних података о дисертацији