Primena seroloških metoda, multipleks lančane reakcije polimeraze i sekvenciranja gena za 16S ribozomalnu RNK i identifikaciji serovarijeteta vrste Salmonella enterica podvrste enterica
Application of serotyping, multiplex polymerase chain reaction and sequencing of the gene for 16S ribosomal RNA in identification of serovars of Salmonella enterica subspecies enterica
Author
Kiškarolj, FerencMentor
Mišić, Dušan
Committee members
Šenerović, Lidija
Radojičić, Sonja

Radojičić, Marina
Milanov, Dubravka

Metadata
Show full item recordAbstract
U ovoj doktorskoj disertaciji je ispitana mogućnost primene simpleks i
multipleks PCR protokola sa prethodno opisanim prajmerima za preciznu
identifikaciju najčešće izolovanih serovarijeteta Salmonella vrsta na teritoriji
Vojvodine. Takođe je ispitana efikasnost primene metode sekvenciranja gena za
16Ѕ rRNK u preciznoj identifikaciji salmonela. Ispitano je 107 izolata Salmonella
enterica ssp. enterica identifikovanih klasičnom serotipizacijom kao: Infantis
(52), Enteritidis (33), Tenessee (5), Mbandaka (4), Montevideo (3), Havana (2),
Lille (2), Senftenberg (2), Typhimurium (1), Agona (1), Derby (1) i Livingstone
(1). Korišćena je tripleks PCR reakcija u detekciji bcfC, steB i sdf lokusa,
optimizovana tokom preliminarnih ispitivanja. Primenom tripleks PCR, samo
S. Enteritidis je mogla precizno da bude razlikovana od drugih serovarijeteta,
dok su ostali serovarijeteti na osnovu rezultata tripleks PCR svrstavani u dve
grupe (Grupa 1 i Grupa2). S. Infantis, najzastupljeniji serovarijetet ...među
ispitanim izolatima nije mogao biti precizno identifikovan jer se primenom
tripleks PCR nije razlikovao od ostalih članova Grupe 2. Za njegovu konačnu
identifikaciju je primenjen simpleks PCR za umnožavanje segmenta fljB koji je
karakterističan samo za S. Infantis. Sekvenciranje gena za 16Ѕ rRNK je
primenjeno u identifikaciji izolata devet različitih serovarijeteta. Poredjenjem
rezultata dobijenih u klasičnoj serotipizaciji i u PCR, uočeno je slaganje u 91
slučaju od ukupno 107 (85%). Od 33 izolata S. Enteritidis njih 31 (94%) je dao
očekivan PCR profil. U slučaju S. Infantis PCR je potvrdila identifikaciju u samo
75% (39 od 52) slučajeva. Ostali ispitani serovarijeteti dali su očekivane PCR
profile. Sekvenciranje gena za 16Ѕ rRNK je bilo pouzdano samo u određivanju
pripadnosti ispitanih izolata rodu Salmonella.
Aim of this doctoral thesis was to test the applicability of published primers
for the identification of serovars isolated most frequently in the north part of
our country using multiplex and simplex PCR reactions. The efficacy of
sequencing of gene for 16S ribosomal RNA for identification of Salmonella
strains was also checked.
The study was conducted on 107 serotyped Salmonella enterica ssp. enterica
isolates. Strains belonged to the following serovars: Infantis (52), Enteritidis
(33), Tenessee (5), Mbandaka (4), Montevideo (3), Havana (2), Lille (2),
Senftenberg (2), Typhimurium (1), Agona (1), Derby (1) i Livingstone (1).
A triplex PCR protocol (bcfC, steB, sdf) optimized during preliminary
investigations was used. This reaction separated S. Enteritidis from other
strains, while the remaining serovars divided in two distinct groups (Group 1
and Group 2). As the used PCR protocol could not differentiate S. Infantis, the
most numerous serovar among isolates, from other members of the... Group 2, its
identification was completed using a simplex PCR reaction
targeting fljB specific for S. Infantis.
Comparison of the results of serotyping and PCR protocols revealed a
concordance in 91 cases from the total of 107 (85%). From 33 strains serotyped
as S. Enteritidis 31 (94%) had the predicted PCR profile. Regarding S. Infantis,
identification based on genomic markers confirmed this serovar only in 75% of
cases (39 from 52). Other serovars showed their typical PCR profiles.
Sequencing of gene for 16S ribosomal RNA could reliably determine only
that tested isolates are the members of the genus Salmonella