Show simple item record

Analysis of whole genome expression in order to indentify the key genes and microRNAs for the occurence of congenital anomalies of the kidney and urinary tract in humans

dc.contributor.advisorStanković, Aleksandra
dc.contributor.otherZeljić, Katarina
dc.contributor.otherStamenković-Radak, Marina
dc.creatorJovanović, Ivan G.
dc.date.accessioned2017-04-17T14:58:59Z
dc.date.available2017-04-17T14:58:59Z
dc.date.issued2016-12-28
dc.identifier.urihttp://eteze.bg.ac.rs/application/showtheses?thesesId=4808
dc.identifier.urihttps://fedorabg.bg.ac.rs/fedora/get/o:15112/bdef:Content/download
dc.identifier.urihttp://vbs.rs/scripts/cobiss?command=DISPLAY&base=70036&RID=1025149106
dc.identifier.urihttp://nardus.mpn.gov.rs/123456789/7884
dc.description.abstractUrođene anomalije bubrega i urinarnog trakta (engl. Congenital Anomalies of the Kidney and Urinary Tract – CAKUT) su razlog nastanka čak polovine slučajeva terminalne bubrežne insuficijencije ali patofiziološka osnova ove bolesti još uvek nije poznata u potpunosti pa je samim tim otežana prevencija i terapija. U ovoj studiji je, upoređivanjem ekspresije celokupnog genoma u tkivu uretera pacijenata sa CAKUT-om i zdravih kontrola, identifikovano 78 diferencijalno eksprimiranih gena. Bioinformatičkom analizom je po prvi put zaključeno da postoji visok nivo kompleksnosti bioloških procesa i molekularnih puteva u tkivu čoveka koji su u CAKUT-u diferencijalno regulisani i čije važne interakcije se mogu predstaviti sa sedam molekularnih mreža, od kojih četiri sadrže gene sa funkcijama koje se direktno mogu asocirati sa CAKUT-om. Eksperimentalnom validacijom ključnih mreža qRT-PCR metodom utvrđen je povišen nivo iRNK za gene LCN2 (7,6 puta), PROM1 (8 puta) i SOSTDC1 (5,6 puta) i snižen nivo iRNK za gene RASD1 (4,5 puta), INA (3,3 puta) i TAC3 (6,6 puta) u tkivu uretera pacijenata u poređenju sa kontrolnim tkivom, koji mogu biti molekularni markeri za CAKUT. Ove mreže su ujedno i prikaz interakcija ključnih molekula u CAKUT-u i predstavljaju temelj budućih funkcionalnih studija. Primenom metode koja povezuje podatke sa genskog ekspresionog čipa i predikcije vezujućih mesta različitih miRNK iz više predikcionih algoritama, sa unapređenom rezolucijom, identifikovane su miRNK sa potencijalno povišenom ekspresijom u CAKUT-u u odnosu na zdrave kontrole. Validacijom ključnih miRNK qRT-PCR metodom je identifikovan povišen nivo miR-144 (5,7 puta) u tkivu uretera pacijenata u odnosu na kontrole, koji može biti molekularni marker za CAKUT.sr
dc.description.abstractCongenital anomalies of the kidney and urinary tract (CAKUT) are the cause for half of the cases with renal failure, but pathophysiological basis of this disease is not fully known. Therefore, the therapy and prevention of the disease is difficult. In this study, by comparing the whole-genome expression in the ureter tissue of patients with CAKUT and healthy controls, 78 differentially expressed genes were identified. By employing bioinformatical analysis it was concluded that there is a high level of complexity of biological processes and molecular pathways, differentialy regulated in CAKUT, whose important interactions can be represented with seven molecular networks, of which four contain genes with functions that can be directly associated with CAKUT. Experimental validation of key networks by qRT-PCR method identified elevated mRNA levels of LCN2 (7.6 fold), PROM1 (8 fold) and SOSTDC1 (5.6 fold), and decreased mRNA levels of RASD1 (4.5 fold), INA (3.3 fold) and TAC3 (6.6 fold) in the ureter tissue of the patients compared to control tissue, which may be molecular markers for CAKUT. These networks display the interactions of key molecules in CAKUT and provide the basis for future functional studies, as well. By applying the method that links microarray gene expression data and prediction of miRNA binding sites from several prediction algorithms, with enhanced resolution, miRNAs with potentialy upregulated expression in CAKUT compared to healthy controls were identified. Validation of key miRNAs by qRT-PCR method identified increased level of miR-144 (5.7 fold) in the ureter tissue of the patients compared to controls, which may be a molecular marker for CAKUT.en
dc.formatapplication/pdf
dc.languagesr
dc.publisherУниверзитет у Београду, Биолошки факултетsr
dc.relationinfo:eu-repo/grantAgreement/MESTD/Basic Research (BR or ON)/175085/RS//
dc.relationinfo:eu-repo/grantAgreement/MESTD/Integrated and Interdisciplinary Research (IIR or III)/41028/RS//
dc.rightsAutorstvo-Nekomercijalno-Bez prerade 3.0 Srbija (CC BY-NC-ND 3.0)
dc.sourceУниверзитет у Београдуsr
dc.subjectCAKUTsr
dc.subjectCAKUTen
dc.subjectBioinformatikasr
dc.subjectIntegrativni pristupsr
dc.subjectMikro RNKsr
dc.subjectPedijatrijasr
dc.subjectBiomarkersr
dc.subjectRazvićesr
dc.subjectEkspresija genasr
dc.subjectGenski ekspresioni čipsr
dc.subjectBioinformaticsen
dc.subjectIntegrated approachen
dc.subjectmicro RNAen
dc.subjectPediatricsen
dc.subjectBiomarkeren
dc.subjectDevelopmenten
dc.subjectGene expressionen
dc.subjectMicroarrayen
dc.titleAnaliza ekspresije celokupnog genoma u cilju identifikacije ključnih gena i mikroRNK za nastanak urođenih anomalija bubrega i urinarnog trakta čovekasr
dc.title.alternativeAnalysis of whole genome expression in order to indentify the key genes and microRNAs for the occurence of congenital anomalies of the kidney and urinary tract in humansen
dc.typePhD thesis
dcterms.abstractСтанковић, Aлександра; Зељић, Катарина; Стаменковић-Радак, Марина; Јовановић, Иван Г.; Aнализа експресије целокупног генома у циљу идентификације кључних гена и микроРНК за настанак урођених аномалија бубрега и уринарног тракта човека; Aнализа експресије целокупног генома у циљу идентификације кључних гена и микроРНК за настанак урођених аномалија бубрега и уринарног тракта човека;


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record